По смыслу пункта 1 статьи 200 Гражданского кодекса Российской Федерации, течение срока давности по иску, вытекающему из нарушения одной стороной договора условия об оплате товара (работ, услуг) по частям, начинается в отношении каждой отдельной части. Срок давности по искам о просроченных повременных платежах (проценты за пользование заемными средствами, арендная плата и т.п.) исчисляется отдельно по каждому просроченному платежу (пункт 24 постановления Пленума Верховного Суда Российской Федерации от 29 сентября 2015 г. N 43 "О некоторых вопросах, связанных с применением норм Гражданского кодекса Российской Федерации об исковой давности".

В силу п. 1 ст. 207 ГК РФ с истечением срока исковой давности по главному требованию считается истекшим срок исковой давности и по дополнительным требованиям (проценты, неустойка, залог, поручительство и т.п.), в том числе возникшим после истечения срока исковой давности по главному требованию.

Поскольку судьба дополнительного требования (пени, поручительство и т.д.) подчинена судьбе главного требования, соблюдение срока исковой давности по главному требованию означает соблюдение срока исковой давности и по дополнительному требованию, что подлежит проверке при рассмотрении настоящего спора.

При применении срока исковой давности в рамках арендных отношений нужно учитывать, что, если у арендатора и имелось право на возмещение ему арендодателем стоимости неотделимых улучшений, произведенных в период действия договора аренды, то соответствующее возмещение должно было быть предоставлено сразу после прекращения этого договора аренды.  Соответственно, о нарушении данного права арендатор узнал или должен был узнать сразу после прекращения договора аренды и возврата арендуемых помещений по акту. И с даты истечения срока  действия договора начинает течь срок исковой давности по требованиям о возмещении стоимости неотделимых улучшений. (Постановление Арбитражного суда Московского округа от 04.04.2016 N Ф05-2860/2016).

Возможность применения норм о пропуске срока исковой давности к правоотношениям, регулируемым статьей 222 Гражданского кодекса Российской Федерации, не исключена, но ограничена одним из условий: 1) исковая давность не применяется в случае предъявления требования о сносе самовольной постройки, создающей угрозу жизни и здоровью граждан (пункт 22 Постановления Пленума Верховного Суда Российской Федерации и Пленума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 29 апреля 2010 года N 10/22) и 2) исковая давность также не распространяется на требование о сносе постройки, созданной на земельном участке истца без его согласия, если истец владеет этим земельным участком (пункты 6 и 7 Информационного письма Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 09 декабря 2010 года N 143 "Обзор судебной практики по некоторым вопросам применения арбитражными судами статьи 222 Гражданского кодекса Российской Федерации".

Арендатор вправе осуществлять работы по реконструкции арендованного помещения, разумеется, с согласия арендодателя. Если в период действия договора аренды арендатор производил строительно-монтажные работы по реконструкции объекта арендованного имущества, а договор прекратил свое действия и имущество возвращено арендодателю, то требования арендатора о возмещении стоимости неотделимых улучшений подлежат удовлетворению в судебном порядке в пределах срока исковой давности, который начинает течь с момента прекращения договорных отношений, но не с момента окончания работ по реконструкции. (Постановление Арбитражного суда Московского округа от 12.02.2016 N Ф05-20110/2015 по делу N А40-18614/2015).

В процессе применения срока исковой давности суд должен в решение указать дату, с которой  начинает течь срок исковой давности, а также обосновать применение срока исковой давности. В противном случае решение не будет считаться законным и обоснованным. (Постановление Арбитражного суда Московского округа от 07.12.2015 N Ф05-15606/2015).

    В договоре аренды обычно устанавливаются периоды осуществления платежей, поэтому, просрочка оплаты каждого периода – это начало течение срока исковой давности по требованию о взыскании арендной платы за конкретный период. 

«Задолженность по арендной плате администрацией района отыскивается с 3 квартала 2008 года по 4 квартал 2008 года. Поскольку пунктом 3.3 договора аренды от 21.12.2007 N 961 предусмотрено, что арендная плата вносится в полном объеме ежеквартально до 15 числа последнего месяца текущего квартала включительно, общество обязано было оплатить арендную плату за 3 квартал 2008 года в срок до 15.09.2008, а за 4 квартал 2008 года до 15.12.2008. Таким образом, о не поступлении арендных платежей администрация района должна была узнать не позднее 16.12.2008. Исковое заявление в арбитражный суд подано 26.03.2015, то есть по истечении срока исковой давности» - Постановление Арбитражного суда Московского округа от 01.12.2015 N Ф05-16294/2015